14岁时，潘光旦被保送清华大学。大二时，右膝盖感染结核菌，最终治疗无效，不得不截肢，终生架拐行走。这就免不了被同学取笑，但潘光旦对此从不在意。一次上生物课，老师讲到遗传时举例，德国生物学家曾做过一项实验，将老鼠的尾巴斩断，看看断尾老鼠的后代是否也断尾。下课后，同学们围住潘光旦笑道：“你将来生下的子女，是单腿还是双腿呢？”潘光旦明知大家是在捉弄自己，一点也不恼，还一本正经地说：“那还用说，老子长着什么样的腿，子女自然就要长什么腿了，不然就麻烦了。”
　　
　　1940年夏，潘光旦应邀在西南联大演讲，在讲到孔子时说：“对于孔老夫子，我是佩服得五体投地的。”话音刚落，就有学生在台下高喊：“潘先生，您讲错了。”潘光旦一愣，随即明白了，下意识看了一眼自己缺失的一条腿，马上大声更正道：“对不起，确实讲错了，对我来说应该是四体投地。”引得同学们大笑。
　　
　　“文革”中，潘光旦被打成了“反动学术权威”，造反派明知他只有一条腿，连行走都不方便，却偏要让他拔草，还不准带小板凳，他只得坐在地上，以手拄地艰难前移。即便如此，他也从不叫屈。如他的老同学、燕京大学校长梅贻宝所说：“光旦秉性温和忠厚，论语上说的‘温、良、恭、俭、让’诸美德，他当之无愧。”